Sebastian Francis dilahirkan pada 11 November 1951 di Johor Bahru, Johor yang kemudiannya menjadi sebahagian daripada Persekutuan Tanah Melayu. Dari tahun 1967 hingga 1970, beliau menyertai Seminari Minor St Francis Xavier di Singapura, sebelum mendaftarkan diri ke Kolej General, Pulau Pinang dari tahun 1972 hingga 1976. Beliau telah ditahbiskan sebagai paderi untuk Keuskupan Melaka-Johor pada 28 Julai 1977.

Dari tahun 1981 hingga 1983, Uskup Sebastian memperoleh Tauliah dalam Teologi Dogmatik dari Universiti St. Thomas Aquinas di Rom, Itali. Beliau juga melanjutkan pelajaran di Sekolah Teologi Maryknoll di New York, Amerika Syarikat di mana beliau memperoleh Ijazah Keadilan dan Keamanan pada tahun 1991. Beliau juga pernah berkhidmat sebagai Pengarah Rohaniah dan pengasas di Kolej General dari tahun 1991 hingga 1998.

Pada tahun 2003, Uskup Sebastian telah dilantik sebagai Vikar Jeneral untuk Keuskupan Melaka-Johor, sehingga pelantikannya sebagai Uskup Pulau Pinang pada tahun 2012.[1]